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Não existe regras absolutas quanto à escolha de um ERP ou de um sistema específico. A profissão, o tipo de organização, a complexidade dos processos (…) induzem a privilegiar em especial um ou outro sistema. O quadro seguinte põe em confrontação os ERP e os SI específicos (SIE) de acordo com alguns critérios gerais.
	ERP	SIE
Coerência e homogeneidade das informações (só um ficheiro cliente, etc.)	sim	sim
Integridade e unicidade do Sistema de informação	sim	sim
Globalização da formação do utilizador (mesma lógica, mesma ergonomia)	sim	sim
Controlo dos custos e os prazos de aplicação e de desenvolvimento	sim	sim
Custo elevado	sim/não	sim/não
Peso e rigidez de aplicação	sim	não
Cobertura funcional demasiada elevada	sim/não	não
Dificuldades de apropriação pelo pessoal	sim/não	não
Necessidade de um bom conhecimento dos processos da organização	sim	sim
Necessidade, às vezes, de adaptar certos processos da organização aos sistemas de informação	sim	não
Cativeiro no que diz respeito ao editor	sim	não